خمینی در سال‌های آغازین پس از پیروزی انقلاب خمینی در طول دوران تبعید با ارسال نوارهای سخنرانی به رهبری فکری انقلاب می‌پرداخت و سرانجام پس از ۱۴ سال در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ از فرانسه به ایران بازگشت. ده روز بعد به دنبال شکست گارد شاهنشاهی، آخرین سنگر مقاومت نیروهای شاهنشاهی شکسته شد و انقلاب ایران به طور رسمی پیروز گردید و او به عنوان رهبر این انقلاب زمام امور را در دست گرفت. این ده روز، دههٔ فجر نامیده می‌شود و هر ساله جشن‌های دولتی در این ایام برگزار می‌شود. پس از انقلاب، در ۱۲ فروردین همه‌پرسی نظام جمهوری اسلامی در ایران برای تعیین نوع حکومت برگزار گردید. این رفراندم اولین مورد رویارویی بین خمینی و سایر نیروهای انقلابی بود.۵ چهره‌های لیبرال‌تر روحانیون مانند طالقانی و شریعتمداری به همراه گروه‌هایی مانند جبهه ملی و بازرگان موافق وجود چندین گزینه انتخابی برای رفراندم بودند. اما سرانجام به فرمان خمینی مردم تنها می‌توانستند بین گزینه جمهوری اسلامی در مقابل نظام سلطنتی انتخاب کنند.۵ با وجود آنکه آزادی بیان یکی از محورهای اعتراضات زمان انقلاب بود، به زودی معلوم شد که این آزادی بیان شامل انتقاد از نظام نمی‌شود. هرکسی که به مخالفت برمی‌خواست و یا علیه اعمال کمیته‌های انقلاب اسلامی سخنی می‌گفت قربانی همان کمیته‌های انقلاب می‌شد.۵ به طور آشکاری شیفتگی مردم نسبت به نظام روز به روز کاهش می‌یافت بطوری که ۲۰۴۰۰۰۰۰ شرکت کننده در رفراندم ۱۲ فروردین به چهارده میلیون در اولین انتخابات ریاست جمهوری اسلامی در ژانویه ۱۹۸۰ کاهش یافت و این تعداد شرکت کننده در اولین انتخابات مجلس شورای ملی در مارس ۱۹۸۰ به شش میلیون و صدهزار نفر رسید. بعد از بازگشت به ایران هر کسی که حرفی متفاوت با خمینی می‌زد یا مخالفتی با او می‌کرد به مانند ناکثین با او برخورد می‌شد. یعنی کسانی مانند طلحه و زبیر و یا عایشه که در زمان خلافت علی، بعد از بیعت با او، به مخالفت با علی پرداختند. اتهام معمول برای کسانی که در دادگاه‌های انقلاب دوران خمینی به اعدام محکوم می‌شدند «مفسد فی الارض» بود: اتهامی مبهم و غیرقابل تعریف از نظر کیفری با بار لغوی قرآنی بسیار سنگین.۶۸ پس از پیروزی انقلاب ۵۷ روح‌الله خمینی و طرفدارانش به تدریج برخی از چهره‌های اصلی انقلاب را حکومت حذف کردند یا به حاشیه راندند. مانند مهدی بازرگان اولین نخست وزیر ایران پس از انقلاب، ابوالحسن بنی صدر اولین رییس جمهور ایران، حسینعلی منتظری قائم مقام رهبری، محمدکاظم شریعتمداری مرجع تقلید شیعه، عباس امیرانتظام سخنگوی دولت موقت و صادق قطب زاده رییس صدا و سیما. همچنین به مانند سایر انقلاب‌ها ائتلاف گروه‌ها و احزابی که در سرنگونی شاه مشارکت داشتند دیری نپایید. در دوران رهبری خمینی، گروه‌های مخالف حذف شدند که این حذف اغلب به صورت خشونت آمیز و با وجود مقاوت این گروه‌ها بود. از جمله این گروه‌ها می‌توان مجاهدین خلق، جبهه ملی، حزب توده، فدائیان خلق اکثریت و اقلیت، حزب پیکار و ... را نام برد.۶۹ خمینی مهدی بازرگان را به سِمت نخست وزیر دولت موقت انتخاب کرده بود. اما در کنار این دولت رسمی کمیته‌های انقلاب اسلامی شکل گرفت که عملاً دولتی در سایه بود و دولت بازرگان کنترلی بر آن نداشت.۵ پس از انقلاب ایران به فرمان سید روح‌الله خمینی، برای محاکمه مقامات نظام شاهنشاهی پهلوی، صادق خلخالی به عنوان حاکم شرع دادگاههای انقلاب منصوب شد.۷۰ کمیته‌های انقلاب در هر شهری تشکیل شد. صدها نفر در اویل انقلاب اعدام شدند. این اعدام‌ها بعضی بخاطر جرایم ناچیز و حتی گاهی بدون محاکمه انجام می‌شد.۵ پس از بازرگان، ابوالحسن بنی‌صدر که از حلقه نزدیکان او در پاریس بود به ریاست جمهوری رسید. هر چند خمینی در ابتدا حامی بنی صدر بود به مرور حمایت خمینی به انتقاد خمینی از بنی صدر تبدیل شد و سرانجام بنی صدر از ریاست جمهوری خلع شد.۵ در فروردین سال ۱۳۶۰ در پی انقلاب فرهنگی ایران، به فرمان خمینی دانشگاه‌ها بسته شد و به دنبال آن کسانی که به ظن نظام، اسلامی نبودند و یا سوابق راضی کننده‌ای در قبل از انقلاب نداشتند از دانشگاه‌ها اخراج شدند. همچنین دانشگاه‌ها از چپگرایان و بهایی‌ها اعدام شدند. در همان زمان حجاب در ایران اجباری شد و حزب‌الله به هر زنی که در خیابان حجاب مناسب نداشت حمله می‌کرد.۵ روابط خمینی با روحانیان برجسته قم و مشهد در سالهای ۶۱ و ۶۲ به تیرگی گرایید. علمای برجسته مشهد مانند شیرازی و قمی در بهار سال ۱۳۶۱ در سخنرانی‌های خود چندین مورد به رژیم انقلابی حمله کردند. همچنین روحانیانی مانند آیت‌الله زنجانی، بهاءالدین محلاتی و شیخ علی تهرانی به انتقاد از خمینی، جمهوری اسلامی و ایده ولایت فقیه پرداختند. در قم شریعتمداری و گلپایگانی علیه استیلای جمهوری اسلامی موضع گرفتند. هرچند سید شهاب‌الدین مرعشی نجفی سعی کرد موضعی خنثی بگیرد. با اعلام خمینی مبنی بر اینکه وجوهات اسلامی باید به امام جمعه‌های منتصب او پرداخت شود، ضربه اقتصادی سختی به مراجع مستقل خورد و آنها دیگر نمی‌توانستند با جمع‌آوری وجوهات طلبه‌های دینی و کارهای خیریه خود را تامین مالی نمایند.۵ با تمام این مخالفت‌ها در سطح روحانیان که بعضاً مانند شریعتمداری از نظر دینی برجسته‌تر از خمینی بودند و همچنین در میان انقلابیون منتقد، خمینی به دلایل چندی توانست خود را به عنوان رهبر حکومت اسلامی در ایران بقبولاند. امین سیکل این دلایل را نام می‌برد:۷۱ خمینی پیش از همه روحانیان هم دوره‌اش صحبت از تشکیل حکومت اسلامی در ایران کرده بود.۷۱ شخصیت اسرار آمیز خمینی: بیشتر مردم ایران او را به عنوان چهره‌ای مبارز علیه شاه می‌شناختند. اما به اندازه کافی در مورد او و افکارش نمی‌دانستند تا خمینی را به طور انتقادی مورد ارزیابی قرار دهند.۷۱ شخصیت کاریزماتیک خمینی که او را از سایرین متمایز می‌کرد.۷۱ نبود رهبری در سطح خمینی در میان مخالفان سکولار و مذهبی خمینی۷۱ فراست سیاسی خمینی و قدرت او در به حرکت درآوردن توده مردم.۷۱ در مارس ۱۹۸۰ خمینی قانون حمایت خانواده را لغو کرد و حجاب زنان را اجباری نمود. هر چند بعد از تظاهرات پرشمار زنان مخالف در اسفند ۵۷، خمینی موقتاً عقب‌نشینی کرد، اما در ماه ژوئیه پوشش اسلامی را در ادارات دولتی اجباری نمود و یک سال بعد نیز مجلس بقیهٔ زنان را موظف به این کار کرد.۷۲ شروع جنگ ایران و عراق تا سال ۱۳۶۷ عراق در ۲۲ سپتامبر ۱۹۸۰ به ایران حمله کرد چرا که صدام حسین گمان می‌کرد که ایران در این زمان ضعیف و آسیب پذیر است و اقلیت عرب‌های خوزستان او را در جنگ یاری خواهند نمود. اما اشتباه محاسباتی صدام و جنگ باعث اتحاد ایرانیان و به غلیان درآمدن آمیزه‌ای از احساسات ملی و شیعی شد. جنگ ایران و عراق باعث تقویت بسیج و سپاه پاسداران و خمینی شد. در وضعیت اضطراری جنگ، طرفداران خمینی سرکوب داخلی را افزایش دادند و برای مثال روزنامه مجاهدین را تعطیل کردند.۷۳ تا پاییز ۱۳۵۹ (۱۹۸۰) طرفداران خمینی کنترل تمام نهادهای حکومتی به جز ریاست جمهوری و چند وزارت کلیدی را در دست گرفته بودند.۷۴ در این زمان خمینی دستور داد که مساله گروگان‌گیری کارکنان سفارت آمریکا که به انزوای سیاسی ایران و تحریم‌های آمریکا انجامیده بود باید حل شود. مذاکرات پنهانی بین ایران و آمریکا انجام شد و توافقات حاصل شد. اما گروگان‌ها با تأخیر و کمی بعد از آنکه جیمی کارتر دفتر ریاست جمهوری را در ۲۰ ژانویه ترک کرد آزاد نمودند.۷۵ ایران موفق شد اراضی اشغالی را از عراق پس بگیرد و در تابستان ۱۹۸۲ با امید حمایت از شیعیان عراق، جنگ را به داخل خاک عراق کشانید.۷۶ مهمترین واقعه سیاست خارجی در نیمه دهه هشتاد میلادی، ماجرای ایران-کنترا بود. سال‌های پایانی خمینی تا پایان عمر قاطعیت و تغییر ناپذیری خود را حفظ نمود. او با پایان دادن به جنگ با صدام که به طور مداومی نارضایتی مردم را افزایش می‌داد مخالفت می‌کرد. تنها زمانی که ورق جنگ در سال آخر آن برگشت و نیروی‌های آمریکایی هواپیمای مسافربری ایران را سرنگون کردند خمینی به تعبیر خود «جام زهر را نوشید» و آتش‌بس را پذیرفت.۶ در این زمان دیگر آرزوی وی برای سرنگونی صدام دست نیافتنی بود. هرچند خمینی در ابتدا قطع نامه ۵۹۸ شورای امنیت سازمان ملل متحد مبنی بر آتش‌بس بین ایران و عراق را رد کرده بود، در اواسط تیر ماه سال ۱۳۶۷ که علی اکبر رفسنجانی که به تازگی جای علی خامنه‌ای را به عنوان فرمانده جنگ گرفته بود خمینی را راضی نمود که امیدی به ادامه این جنگ نیست و خمینی سرانجام با پذیرش قطع نامه موافقت کرد.۶ در اولین روز سال ۱۹۸۹ میلادی (۱۱ دی ۱۳۶۷) نامه سید روح‌الله خمینی به گورباچف را عبدالله جوادی آملی، محمدجواد لاریجانی و مرضیه حدیدچی دباغ به نمایندگی از سوی خمینی، به میخائیل گورباچف آخرین دبیرکل حزب کمونیست شوروی تسلیم کردند. رهبر ایران در این نامه نسبت به مرگ کمونیسم هشدار داد.۷۷ در سال ۱۳۶۷ و ۶۸ خمینی که پایان حیاتش نزدیک به نظر می‌رسید، اقدامات متعددی برای ضعیف کردن مخالفان احتمالی و قدرت دولت و طرفدارانش انجام داد. در ژانویه ۱۹۸۸ و در پی اختلافات مداوم مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان، خمینی دستور تشکیل مجمع تشخیص مصلحت را صادر کرد. به دنبال اعتراضات حسینعلی منتظری و اختلافات پیش آمده، در ماه فروردین ۱۳۶۸ خمینی دستور تشکیل مجلس خبرگان را صادر نمود و از آنها خواست که با منتظری مذاکره کنند و عملاً به منتظری اعلام نمودند که استعفایش مورد قبول واقع گرفته است.۷۸ در آوریل سال ۱۹۸۹ خمینی، خامنه‌ای را مامور به سرپرستی هیات بازنگری قانون اساسی کرد زیرا در مواجهه با شرایطی که هیچ‌یک از مراجع عظما به طور کامل ایده ولایت فقیه را قبول نداشتند، باید تاکید موجود بر صلاحیت مذهبی فقیه را تعدیل می‌کرد. در این زمان شورایی که بخشی منصوب خمینی و بخشی منتخب مجلس بود، بازنگری قانون اساسی ایران را به‌عهده گرفت. در این بازنگری پست نخست وزیری حذف شد و اختیارات ولی فقیه با جزییات بیشتری تعریف شد.۷۹ اعدام زندانیان سیاسی ۱۳۶۷ نوشتار اصلی: اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) در تابستان ۱۳۶۷ به دنبال فرمان خمینی هزاران زندانی سیاسی در زندانهای جمهوری اسلامی طی محاکماتی سرپایی اعدام گردیدند. از این اعدام‌ها به عنوان کشتاری در تاریخ ایران یاد می‌شود که شدت خشونت در آن در تاریخ معاصر ایران بی‌سابقه‌است.۸۰ این اعدام پس از درهم شکستن حمله سازمان مجاهدین در روزهای پایانی جنگ ایران و عراق بود. با وجود اعتراض شدید جانشین خمینی، منتظری، با حکم حکومتی خمینی بیش از سه هزار زندانی سیاسی که دوران محکومیت قضایی خود را گذرانده بودند یا در حال گذراندن بودند اعدام شدند.۶ خمینی دلیل خود را برای صدور دستور اعدام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، طی نامه‌ای چنین بیان کرد: «از آنجا که منافقین خائن به هیچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه می‌گویند از روی حیله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آنها از اسلام ارتداد پیدا کرده‌اند، با توجه به محارب بودن آنها و جنگ کلاسیک آنها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاری‌های حزب بعث عراق و نیز جاسوسی آنها برای صدام علیه ملت مسلمان ما و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانی و ضربات ناجوانمردانهٔ آنان از ابتدای تشکیل نظام جمهوری اسلامی تاکنون، کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند.»۸۱ فتوای قتل سلمان رشدی در اواخر سال ۱۳۶۷ خمینی فتوای کشتن سلمان رشدی را صادر کرد زیرا سلمان رشدی کتاب آیات شیطانی را نوشته بود. به گفته نیکی کدی، در این زمان خمینی تازه بیرون آمده از ناکامی جنگ با عراق، کوشید تا تصویر خود به عنوان رهبر اسلام پیکارجو را زنده کند. بسیاری از مسلمانان اعتبار چنین فرمانی، توسط یک روحانی شیعه علیه یک مسلمان سنی و تبعه یک کشور خارجی را زیر سوال بردند. این اقدام باعث شد تا وجهه ایران در بین کشورهای غیر مسلمان بسیار مخدوش شود و به تلاش‌های خامنه‌ای و رفسنجانی برای بهبود روابط و از سرگیری پیوندهای اقتصادی با غرب و کشورهای غربی پایان داد.۸۲ برنارد لوئیس نویسنده کتاب «بحران اسلام» عقیده دارد کتاب آیات شیطانی یک کتاب ادبی و تخیلی بوده و اظهار تردید می‌کند که روح‌الله خمینی با وجود کهولت سن این کتاب ۵۰۰ صفحه‌ای را خوانده باشد. وی صدور فتوای کشتن سلمان رشدی را تخلف آشکار خمینی از قوانین اسلام می‌داند و می‌افزاید: «بر طبق قوانین اسلام باید به متهم فرصت دفاع از خود داده شود و نمی‌توان بدون محاکمه برای کسی حکم صادر کرد».۸۳ اگرچه پس از مدتی سلمان رشدی در بیانیه‌ای از اینکه موجب ناراحتی پیروان اسلام شده ابراز تاثر و افسوس کرد اما خمینی بر فتوای خود تاکید کرد و گفت: حتی اگر سلمان رشدی اصلاح شده و مردی دیندار شود بر هر مسلمانی واجب است که از جان و مال خود بگذرد و او را به جهنم بفرستد.۸۴ وعده‌ها خمینی در ۲۲ بهمن ۱۳۵۷ پس از تصرف رادیو توسط انقلابیون در بیانیه‌ای با تقدیر از عقب‌نشینی و عدم دخالت ارتش در امور سیاسی، از مردم خواست از خرابکاری و اخلال‌گری و حمله به سفارتخانه‌ها جلوگیری کنند و نوشت «به امرای ارتش اعلام می‌کنم که در صورت جلوگیری از تجاوز ارتش، پیوستن آنان به ملت و دولت قانونی ملی اسلامی، ما آنان را از ملت و ملت را از آنان می‌دانیم و مانند برادران با آنان رفتار می‌نماییم.»۸۵ و در همان شب شورای عالی ارتش شاهنشاهی در جلسه‌ای با شرکت تقریباً تمامی فرماندهان عالی‌رتبه خود و بدون هیچ مخالفتی پشتیبانی کامل خود از خواسته‌های ملت را اعلام کرد.۸۶ اما تنها ساعاتی پس از آن عده‌ای از سران حکومت پهلوی از جمله سرلشکر منوچهر خسروداد فرمانده هوانیروز، سپهبد مهدی رحیمی رئیس شهربانی کل، سرلشکر رضا ناجی (سرلشکر) اولین فرماندار نظامی ایران و تیمسار نعمت نصیری رئیس سابق ساواک در مدرسه رفاه به حکم صادق خلخالی اعدام شدند.۸۷۸۸ روح‌الله خمینی قبل از انقلاب ایران در سال ۱۳۵۷ وعده‌هایی در خصوص برابری زنان و مردان و آزادی مطبوعات۸۹ به مردم ایران داده بود. همچنین او در تاریخ ۱۰ اسفندماه ۱۳۵۷ در سخنرانی که در روز ورود به شهر قم انجام داد، از اهداف انقلاب به تحویل دادن سرمایه ملی به مردم و مجانی کردن آب، برق و اتوبوس برای مستمندان اشاره کرده بود.۹۰ بخشی از سخنرانی ۱۰ اسفندماه ۱۳۵۷ در شهر قم: تمام کمیته‌هایی که در تمام اطراف ایران هست موظفند که آنچه به دست آمد از مخازن ایران، هر چه که اینها بردند و مخفی کردند و اتباع آنها بردند و مخفی کردند، آنها را که به دست آمده‌است. به بانکی که شماره‌اش را بعد تعیین می‌کنم تحویل بدهند که برای کارگرها، برای مستضعفین، برای بینوایان، هم‌خانه بسازند، هم زندگی آنها را مرفه کنند. ما علاوه بر اینکه زندگی مادی شما را می‌خواهیم مرفه بشود، زندگی معنوی شما را هم می‌خواهیم مرفه باشد. شما به معنویات احتیاج دارید. معنویات ما را بردند اینها. دلخوش نباشید که مسکن فقط بسازیم، آب و برق را مجانی می‌کنیم برای طبقه مستمند، اتوبوس را مجانی می‌کنیم برای طبقه مستمند، دلخوش به این مقدار نباشید، معنویات شما را، روحیات شما را عظمت می‌دهیم۹۰ همچنین بخشی از سخنرانی او در بهشت زهرا پس از انقلاب ۵۷ به صورت سانسور شده در رسانه‌های ملی پخش می‌گردد.